Les Statuts constituent la réglementation fondamentale de la FMH. Ils sont adoptés par la Chambre médicale à la majorité des deux tiers, et comptent cinq parties principales :

• La première partie définit le sens et le but de la FMH et décrit ses tâches.
• La deuxième partie règle les questions d’adhésion.
• La troisième partie définit les organisations de base et les organisations faîtières et en explique les tâches ainsi que les fonctions.
• La quatrième partie décrit la structure des différents organes de la FMH et en définit la composition et les compétences.
• La cinquième partie inclut différentes dispositions complémentaires.

Les principes statutaires de la FMH sont concrétisés par le Règlement d’exécution. Celui-ci règle par exemple la procédure d’admission pour les membres ou la manière de travailler des différents organes. La Chambre médicale adopte les modifications du Règlement d’exécution à la majorité simple.

Le Code de déontologie de la FMH s’applique à tous les membres de la FMH, quelle que soit leur situation professionnelle. Il concrétise les principaux devoirs professionnels ancrés dans la loi sur les professions médicales (LPMéd) et définit d’autres règles déontologiques. Ces devoirs et règles incluent par exemple le libre choix du médecin, l’obligation de renseignement ou la tenue d’un dossier médical. Le Code de déontologie règle également la collaboration collégiale. Ainsi, les collègues doivent par exemple s’informer mutuellement des diagnostics et des traitements quand ils participent conjointement à un traitement et que le patient est d’accord.

La protection de la personnalité et le traitement adapté des données personnelles sont des questions que la FMH prend très au sérieux. La protection des données vise à protéger la personnalité et les droits fondamentaux des personnes qui font l’objet d'un traitement de données (cf. art. 1 LPD). En inscrivant les principes de la protection des données dans les Statuts de la FMH (cf. art. 12 ss) et en suivant une politique claire en matière de respect de la vie privée (cf. Déclaration des données sur le site internet), la FMH souhaite établir le plus de transparence possible vis-à-vis de ses membres et de toutes les personnes concernées par le traitement de données personnelles.

Le Comité central et l’Assemblée des délégués de la FMH disposent de vastes compétences. Pour garantir qu’ils, et tous les autres organes exécutifs, respectent les dispositions internes à l’association, la FMH fait appel à la Commission de gestion (CdG) qui a son propre règlement définissant clairement son domaine de compétences.

En sa qualité d’organe indépendant de la FMH, l’Institut suisse pour la formation médicale postgraduée et continue (ISFM) est responsable de la formation postgraduée et continue des médecins. Son règlement définit sa structure organisationnelle interne et décrit les tâches et les compétences que lui confère la loi sur les professions médicales (LPMéd).