Die FMH ist Vertragspartnerin der Schweizerischen Kommission für Qualitätssicherung im medizinischen Labor (QUALAB). Die QUALAB macht unter anderem Vorgaben zu den obligatorischen externen Qualitätskontrollen im Labor.
Die FMH ist Mitglied der Schweizerischen Union für Labormedizin (SULM). Das Publikationsorgan der SULM ist die «Pipette». Die SULM erlässt Kriterien zum Betreiben von medizinischen Laboratorien (KBMAL).
Die AG Labor ist eine Arbeitsgruppe von speziell ausgesuchten FMH-Mitgliedern, die selbst ein Praxislabor betreiben und in Belangen des Praxislabors spezialisiert sind.
Der FAPL ist der Fähigkeitsausweis Praxislabor des Kollegiums für Hausarztmedizin (KHM). Seit dem 1. Januar 2017 ist er Voraussetzung dafür, dass Laboruntersuchungen gemäss Analysenliste eigenverantwortlich im Praxislabor durchgeführt und nach dem Tarif der eidgenössischen Analysenliste zu Lasten der Sozialversicherungen abgerechnet werden können.