Seit dem 1. Juli 1998 existiert das Programm «Weiterbildung in Hausarztpraxen (Praxisassistenz)», für welches die FMH ursprünglich dem Kollegium für Hausarztmedizin (KHM) das Mandat zur Durchführung erteilt hatte. Ende 2008 ist die Trägerschaft des Programms auf die neu gegründete Stiftung zur Förderung der Weiterbildung in Hausarztmedizin (WHM) übergegangen.

Das Programm Praxisassistenz wird seit Beginn durch Spendengelder finanziert, wobei diese Gelder ausschliesslich von der Ärzteschaft kommen: Die FMH bezahlt jährlich einen namhaften zweckgebundenen Pauschal-Beitrag an das Programm Praxisassistenz.

Mit dem von der Ärzteschaft aufgebrachten Geld können jährlich rund 50 Praxisassistenzen bzw. rund 200 Praxisassistenz-Monate mitfinanziert werden. Ausserdem werden mit den Spendengeldern die Beratung der Assistenzärztinnen und -ärzte, der Lehrpraktikerinnen und Lehrpraktiker, die Lehrpraktiker-Kurse sowie die Administration des Programms finanziert.